
MASSPEKTROMETRI-BASERAD PROTEOMIK
Kvalitativ och kvantitativ analys av proteiner och proteom.
Skräddarsydda proteomikanalyser
Välkommen till den masspektrometri-baserade proteomikfaciliteten vid Uppsala Universitet. Vi finns vid Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi. Vi utför skräddarsydda proteomikanalyser för projekt från akademi och industri.
ANALYSER
- Kvalitativ proteomik. Identifiering av proteiner i komplexa biologiska prov.
- Kvantitativ proteomik. Tekniker med och utan inmärkning appliceras.
- Proteomikanalys i kroppsvätskor. Tex cerebrospinalvätska och plasma.
- Karakterisering av post-translationella modifieringar. Tex. Fosforylering och glykosylering hos proteiner.
- Proteomik av prover från icke-humana arter. Tex katt, hund, växter, bakterier, virus och parasiter.
- Proteinidentifiering. Av proteiner i lösning och av proteiner i gel band/spottar.
- Analys av proteiner från biobanksförvarade vävnader (FFPE/OCT förvaring).
- Bestämning av inakt massa hos rekombinanta och nativa proteiner.
- Anrikning med immunoaffinitet och identifiering av målproteiner. Faciliteten ger råd i experimentell design för identifiering av immuoprecipiterade proteiner och dess interaktionsproteiner med MS.
- Fullständig karakterisering av nativa och rekombinanta proteiner.
- Proteinextration. Selektiv extration av proteiner från celler och vävnad för MS analys.
- Protein/peptid separation. 1-D SDS-PAGE, jonbyteskromatofrafi (SCX, ERLIC).
UTRUSTNING
- LTQ Orbitrap Velos Pro ETD MS. (Thermo Scientific).
- QExactive Plus Orbitrap MS. (Thermo Scientific)
- MALDI TOF/TOF MS. (Bruker Daltonics), 2 instrument
- Easy nanoLC 1000 och Easy nanoLC II (Thermo Scientific)
- 1260 Infinity LC (Agilent Technologies)
APPLIKATIONER
- Karakterisering av trunkerade och modifierade proteiner, bestämning av enzymatiska klyvningsställen.
- Djupgående analys av cerebrospinalvätska och bestämning av biomarkörer för olika sjukdomstillstånd.
- Simultan extraktion av membranbundna och cytoplasmiska proteiner från celler och vävnader, med efterföljande MS-analys.
- Extensiv karakterisering av fosfoproteiner och fosfoproteom.
- Korrelation av genomik- och MS-baserad proteomikresultat.
KURSER
LÄNKAR OCH SAMARBETSPARTNERS
Att använda faciliteten
För att använda den masspektrometri-baserade proteomikfaciliteten, kontakta Ganna via e-post eller telefon för att boka ett första möte:
Ganna Shevchenko
018-471 3686
ganna.shevchenko@kemi.uu.se
Personal på faciliteten
- Jonas Bergquist, Facility Head and Director, Professor
- Ganna Shevchenko, PhD, forskare