Kemiska sektionen

Masspektrometri-baserad proteomik

Kvalitativ och kvantitativ analys av proteiner och proteom.

Välkommen till den masspektrometri-baserade proteomikfaciliteten vid Uppsala Universitet. Vi finns vid Institutionen för Kemi-BMC, Analytisk kemi. Vi utför skräddarsydda proteomikanalyser för projekt från akademi och industri.

ANALYSER

  • Kvalitativ proteomik. Identifiering av proteiner i komplexa biologiska prov.
  • Kvantitativ proteomik. Tekniker med och utan inmärkning appliceras.
  • Proteomikanalys i kroppsvätskor. Tex cerebrospinalvätska och plasma.
  • Karakterisering av post-translationella modifieringar. Tex. Fosforylering och glykosylering hos proteiner.
  • Proteomik av prover från icke-humana arter. Tex katt, hund, växter, bakterier, virus och parasiter.
  • Proteinidentifiering. Av proteiner i lösning och av proteiner i gel band/spottar.
  • Bestämning av inakt massa hos rekombinanta och nativa proteiner.
  • Anrikning med immunoaffinitet och identifiering av målproteiner. Faciliteten ger råd i experimentell design för identifiering av immuoprecipiterade proteiner och dess interaktionsproteiner med MS.
  • Fullständig karakterisering av nativa och rekombinanta proteiner.
  • Proteinextration. Selektiv extration av proteiner från celler och vävnad för MS analys.
  • Protein/peptid separation. 1-D SDS-PAGE, jonbyteskromatofrafi (SCX, ERLIC).

ANVÄNDA FACILITETEN

Kontakta Head of Facility via e-post eller telefon för att boka ett första möte.

Sara Lind
018-471 3693
sara.lind@kemi.uu.se

PERSONAL
Jonas Bergquist, Facility Director, Professor
Sara Lind, Head of facility, Associate Professor
Alexander Falk, MSc, research engineer
Ganna Shevchenko, PhD, senior research engineer

UTRUSTNING

  • LTQ Orbitrap Velos Pro ETD MS. (Thermo Scientific). 
  • QExactive Plus Orbitrap MS. (Thermo Scientific)
  • MALDI TOF/TOF MS. (Bruker Daltonics), 2 instrument
  • Easy nanoLC 1000 och Easy nanoLC II (Thermo Scientific)
  • 1260 Infinity LC (Agilent Technologies)

APPLIKATIONER

  • Karakterisering av trunkerade och modifierade proteiner, bestämning av enzymatiska klyvningsställen.
  • Djupgående analys av cerebrospinalvätska och bestämning av biomarkörer för olika sjukdomstillstånd.
  • Simultan extraktion av membranbundna och cytoplasmiska proteiner från celler och vävnader, med efterföljande MS-analys.
  • Extensiv karakterisering av fosfoproteiner och fosfoproteom.
  • Korrelation av genomik- och MS-baserad proteomikresultat.